Khan ist ein im 20 Jahrhundert geschaffener Augment. Er ist stärker, schneller und besser als jeder herkömmliche Mensch. Sein Blut hat heilende Wirkung und belebt sogar totes Gewebe wieder. Er wurde gezüchtet um in den Eugenischen Kriegen auf der Erde als Tyrann zu herrschen. Als die Augments jedoch besiegt werden, flieht er mit seinen Getreuen in Stase auf einem Schläferschiff.
300 Jahre vergehen, bis Khans Schiff entdeckt wird, da nach der Vernichtung Vulkans und dem Angriff auf die Erde die Sternenflotte die Erforschung des Alls massiv vorantreibt.
Alexander Marcus weckt Khan auf und verschafft ihm eine Tarnidentität als John Harrison. Er benutzt die weiterhin in Stase befindliche Mannschaft als Druckmittel gegen ihn, damit er gemeinsam mit Sektion 31 neue Waffen und Strategien entwickelt. Er hilft beim geheimen Aufrüsten der Sternenflotte.
Schließlich schafft Khan es seine Leute von der Erde zu schmuggeln. Er verübt Anschläge und tötet viele hochrangige Sternenflottenangehörige.
Anschließend will er mit einem Sektion 31 Kriegsschiff die Enterprise und alle niederen Lebensformen auslöschen und sich selbst zum Herrscher machen. Captain Kirk verhindert dies jedoch und Khan wird erneut in Stase versetzt.
(Das im Gegensatz zur Hauptzeitlinie vollkommen andere Aussehen des Charakters wird nicht wirklich erklärt.)